Elkoninova metoda se odlišuje od běžných metod, které se používají ve vyučování čtení. Její východiska a zvláštnosti můžeme shrnout následovně:

Základem čtení je luštění kódu, odhalení vztahu mezi písmeny a hláskami ve slovech. I když se to na první pohled zdá jako zraková úloha, ve skutečnosti jde o „ozvučení“ čtených slov. Jen slova, která děti při čtení „ozvučí“, mají význam. Řada písmen (P-E-S) ještě není přečtené slovo, které něco znamená.

Čtení se proto považuje za jazykový úkol. Zpracování čteného slova probíhá v jazykových jednotkách. Jen tak je možné porozumění čtenému.
V této metodě, na rozdíl od jiných klasických metod, se postupuje od mluveného slova ke čtenému. Děti se nejdříve naučí chápat hláskovou strukturu mluvených slov (říkáme, že se naučí slyšet hlásky ve slovech) a až potom se učí, jak se tyto hlásky dají označit písmeny.

Například až ve chvíli, kdy děti pochopí, že slovo pes má tři hlásky p-e-s, se naučí, že slovo pes můžeme označit pomocí písmen P-E-S.